Un régime dérogatoire réduit à un an 

Un salarié en arrêt de travail pour une affection de longue durée non exonérante perçoit désormais les indemnités journalières de la Sécurité sociale pendant un an au maximum. Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 ramène à cette durée la période d’indemnisation dérogatoire, qui pouvait jusqu’ici atteindre trois ans. En dehors de ce régime, la règle commune reste inchangée : un assuré ne peut percevoir plus de 360 indemnités journalières sur une période de trois ans. 

Une ALD non exonérante justifie un arrêt de plus de six mois sans traitement coûteux – les soins étant remboursés aux taux habituels de l’Assurance maladie¹. Le médecin traitant ou le service médical de la caisse peut indiquer à l’assuré la catégorie dont il relève. Une ALD est dite « exonérante » lorsqu’elle ouvre droit à une prise en charge des soins à 100 %. Elle recouvre les affections inscrites sur une liste fixée par décret, mais aussi les affections graves hors liste et les polypathologies invalidantes nécessitant un traitement prolongé et coûteux, reconnues par le service du contrôle médical de l’Assurance maladie. Pour les ALD exonérantes, la durée maximale d’indemnisation reste fixée à trois ans. 

Le nouveau décret limite le versement des indemnités, pas la durée de l’arrêt lui-même. Pour ouvrir une nouvelle période d’indemnisation d’un an au titre de la même maladie, le salarié devra avoir repris le travail pendant au moins un an². Un second décret du même jour (n° 2026-867) transpose ces règles aux travailleurs indépendants, aux ministres des cultes ainsi qu’aux fonctionnaires de l’État et aux magistrats. 

Des règles transitoires pour les arrêts en cours 

La durée d’un an s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026. Elle concerne aussi les arrêts en cours à cette date lorsque l’incapacité de travail atteint six mois après le 15 octobre. Pour un arrêt débuté avant cette date, c’est donc le moment où l’incapacité franchit le seuil de six mois qui détermine la règle applicable : si ce seuil est atteint après le 15 octobre, l’indemnisation est limitée à un an. 

Les salariés déjà en arrêt depuis plus de six mois au 15 octobre 2026, ou qui bénéficiaient déjà à cette date du régime dérogatoire, conservent en revanche l’ancienne règle et peuvent être indemnisés pendant trois ans au plus. 

Une pénalité pour les arrêts injustifiés 

Le décret n° 2026-866 comporte un second volet, en vigueur depuis le 19 septembre 2026 : l’assuré qui cherche à obtenir un arrêt de travail non justifié par son état de santé s’expose à une pénalité financière. 

Pour l’employeur, l’arrêt du versement des indemnités journalières au bout d’un an peut avoir des répercussions sur le complément de salaire et sur les garanties de prévoyance, dont les conditions dépendent de la convention collective applicable et des contrats souscrits. 

Les trois points clés à retenir 

• Réduction à un an au lieu de trois : les indemnités journalières versées au titre d’une ALD non exonérante sont désormais limitées à un an ; le salarié doit avoir repris le travail pendant un an pour ouvrir une nouvelle période d’indemnisation. 

• Des règles transitoires : la mesure s’applique aux arrêts prescrits depuis cette date et aux arrêts en cours atteignant six mois après le 15 octobre. Les arrêts plus anciens restent indemnisés trois ans au plus. 

• Des ALD exonérantes épargnées : les affections prises en charge à 100 % conservent une durée maximale d’indemnisation de trois ans.